与那国島海底地形（よなぐにじまかいていちけい）は、八重山諸島の与那国島（沖縄県八重山郡与那国町）南部の新川鼻沖の海底で発見された海底地形である。 東西約250ｍ、南北約150ｍ、高低差約25ｍに及ぶ巨大な石の神殿のような構造をしている。

人為的に加工された海底遺跡と考える説もあり、この立場からは与那国海底遺跡、与那国島海底遺跡とも呼ばれる。ただし、水中考古学や地形学の専門家の大半はこの説に否定的であり、東京海洋大学教授の岩淵聡文は「学術的には、人工の構造物ではないことで既に決着している」と語っている。

1986年に、地元のダイバーによって島の南側海底に巨大な階段構造が発見され、「遺跡ポイント」と名づけられた。その後も、発見したダイバーによる調査が続けられ、1995年1月1日に琉球新報をはじめとする地元紙に大きく取り上げられて広く注目を集めるようになった。

一方、1992年以来、琉球大学理学部教授であった（現在は同大学名誉教授）木村政昭を中心として調査が行われ、1998年には沖縄県文化局に｢遺跡発見届け｣が提出されているが、沖縄県では、人が関与した痕跡があると判断できないとの理由で、遺跡として認定していない。

与那国町長は2016年3月に、学術的調査を行った上で、国の史跡、世界遺産、ジオパークへの登録への取り組みを検討することを表明しており、同年10月から調査が実施されている。

観光的には、「遺跡ポイント」と呼ばれ人気のあるダイビング・スポットであり、自然地形であるか遺跡であるかはさておき、与那国島の貴重な観光資源となっている。

この地形の成因については、以下の通り、自然地形であるとする立場と、人工的な構造物であるとする立場からのいくつかの説がある。しかし、そもそも遺跡説が考古学や地質学関連の学会で提示されていないこともあって、両者の立場からの議論は沖縄県内の学者によるものにとどまっており、関連学会においては学術的検討の俎上にも載せられていない状況である。

琉球大学理学部教授の中村衛や元沖縄県埋蔵文化センター所長の安里嗣淳らの複数の学者は自然地形説を採っている。

人工的な構造物説を日本国内の学会において発表しているのは木村政昭らのグループのみであり、しかも、その学会も考古学や地質学を専門とするものではない。木村に対しては、考古学的・地質学的調査が未実施、論文発表がない、学会外における報告書や出版物で精確な調査データを提出していない、図面を不正確に加工しているという批判がある。

上記の通り、中村衛や安里嗣淳らの複数の学者は自然地形説を採っている。

木村によって2007年に主張された3,000-2,000年前に形成されたとする説に対して、東アジアを専門とする考古学者でブリティッシュコロンビア大学教授のリチャード・ピアソン（英語版）は、与那国島では焚火跡、石器、土器を含む紀元前2500年 - 2000年の小規模な居住地の遺跡が発見されているが、その住民には石造記念物を建造する余力はなかったであろうとの見解を示している。